Ślady bytności człowieka na terenie Pafos, tak jak i na całym Cyprze, sięgają niepamiętnych czasów. Miasto zostało założone prawdopodobnie na początku XIV w. p.n.e. Uważa się, że od samego początku istniał tu silny kult Afrodyty (wywodzący się zapewne z przedgreckiego kultu płodności, inna teoria mówi o obcym, niegreckim pochodzeniu kultu Afrodyty), o czym świadczyć może poświęcona jej słynna na cały świat grecki świątynia, którą zbudowano tu już w XII w. p.n.e.

W I w. apostoł Paweł ze świętym Barnabą i Janem Markiem spotkali w mieście maga, fałszywego proroka żydowskiego Elimasa Bar-Jezusa, który im się sprzeciwiał, gdy ci głosili prokonsulowi Sergiuszowi Pawłowi. Dlatego Paweł na pewien czas oślepił czarownika, a Sergiusz Paweł pod wpływem tego cudu nawrócił się na chrześcijaństwo.

W epoce hellenistycznej Pafos znacznie przybrało na znaczeniu, stając się stolicą wyspy. Zaczęło jednak podupadać już pod rządami Rzymu. W średniowieczu, najpierw w rękach Bizancjum, później Wenecjan, wreszcie Turków Osmańskich, miasto niemal zupełnie straciło swoje dawne znaczenie, a prym wiodły porty Larnaka, Kirenia i Famagusta, rolę głównego ośrodka administracyjnego wyspy przejęła natomiast Nikozja. W 1103 r. w Pafos przebywał w drodze do Ziemi Świętej król Danii Eryk I, który tutaj zmarł i został pochowany w lokalnej bazylice (kościół uległ zniszczeniu podczas trzęsienia ziemi). Obecnie na tym miejscu znajduje się tablica pamiątkowa ku czci króla.

Sytuacja Pafos jako mało ważnego miasteczka nie zmieniła się pod rządami Brytyjczyków, ani po odzyskaniu niepodległości przez Cypr w latach sześćdziesiątych XX wieku. Dopiero interwencja Turcji w 1974 roku, a w konsekwencji utrata portów Kirenii i Famagusty przez południową część wyspy na rzecz Cypru Północnego skłoniła rząd południowocypryjski do inwestycji w Pafos, dzięki czemu miasto jest dziś ważnym ośrodkiem portowym i turystycznym południowej części wyspy.